同样多的有机化合物，进行无氧呼吸时，其产生的能量，比进行有氧呼吸时要少。有氧呼吸与无氧呼吸是细胞内不同的反应，与生物体没直接关系。即使是呼吸氧气的生物，其细胞内，也可以进行无氧呼吸。
呼吸作用的目的，是通过释放食物里的能量，以制造三磷酸腺苷（ATP），即细胞最主要的直接能量供应者。呼吸作用的.过程，可以比拟为氢与氧的燃烧，但两者间最大分别是：呼吸作用透过一连串的反应步骤，一步步使食物中的能量放出，而非像燃烧般的一次性释放。
在呼吸作用中，三大营养物质：碳水化合物、蛋白质和脂质的基本组成单位（葡萄糖、氨基酸和脂肪酸），被分解成更小的分子，透过数个步骤，将能量转移到还原性氢（[H]）（化合价为-1的氢）中。最后经过一连串的电子传递链，氢被氧化生成水；原本贮存在其中的能量，则转移到ATP分子上，供生命活动使用。
