学校前身为创建于1909年7月的晚清邮传部上海高等实业学堂船政科，开创了中国高等航海教育的先河。历经邮传部高等商船学堂、吴淞商船学校、交通部吴淞商船专科学校、国立重庆商船专科学校、国立吴淞商船专科学校、上海航务学院等时期。1959年交通部组建上海海运学院，2004年经教育部批准更名为上海海事大学。2008年上海海事大学主体搬迁临港新城。学校原为交通运输部直属高校，2000年划归上海市管理。2008年，上海市人民政府与交通运输部签订协议，共建上海海事大学。
截至2021年5月，学校有临港校区（主校区）、港湾校区、民生路高恒大厦等3个校区，其中临港校区占地面积133万余平方米，总建筑面积60万平方米；设有二级办学部门，49个本科专业；有1个国家重点（培育）学科；设有3个博士后科研流动站，4个一级学科博士点，16个一级学科硕士学位授权点，13个硕士专业学位授权类别；有本科生16000余人，各类在校研究生7200余人，留学生近600名；有专任教师1300余名。
