《内经》对人体解剖知识，如脏器质地，大小，肠胃的容量及血管的长短等，都有详细记载。尤其血液循环的概念，呼吸与脉博频率的比例等，远比西欧早得多。《内经》巳明确人体十二经脉，奇经八脉，创始了祖国医学中的重要学说之一一一经络学说。在疾病证治方面巳初步确立了辨证施治的原则。对药性的理论，提出了寒，热，温，凉四气，酸，苦，甘，辛，咸五味等概念，以及气味厚薄，升降浮沉的作用，并指出五味入五脏的原理，也就是后世归经学说的本源。
秦汉时代，医药又进一步迅速发展起来。这时出现了《神农本草经》，它是我国历史上第一部药学著作，其内容丰富广泛，所载药物许多都有确实疗效，如水银治疗疥疮，麻黄止喘发汗，常山截疟，大黄泻下等。而且很多都是世界上最早的记载，例如水银治疗皮肤病，要比阿拉伯和印度早500一一800年。《神农本草经》简称《本经》，全书共载药365种，包括草，谷，米，果，木，虫，鱼，家畜，金石等。其中植物药最多共有252种，动物药67种，矿物药46种。同时根据药物的性能和使用目的不同，将药划分上，中，下三品，上品药120种，大都属于营养滋补的药品，如人参，甘草，枸𣏌等，中品药120种，有毒或无毒，可斟酌使用以控制疾病和补虚弱，如黄连，麻黄，黄芪，沙参等。下品药125种，有毒或药性强烈，可除寒热破积聚，如大戟，芫花，乌头，狼毒等。《本经》不仅对药物疗效作了总结，而且对药物的产地，采集，炮制方法，剂型与疗效的关系，以及君，臣佐，使的配伍原则等均作了一般记述，成为后世历代本草的蓝本。对我国和世界药物学的发展具有一定的影响。
东汉末年，名医张仲景通过“勤求古训，博采众方”，继承前人所积累的.医疗经验和理论知识，结合自己的临证实践，著了一部《伤寒杂病论》。经后人整理分为两大部份，即《伤寒论》与《金匮要略》。《伤寒论》有严谨的理，法，方，药等蜜切结合的医疗规程，丰富和发展了辨证施治的原则在临床上的运用。直到现在仍为学习与研究祖国医学必读的经典著作之一。《金匮要略》论述了各种杂病的病因，预防，诊断和治疗等问题，为后世医学对杂病的治疗奠定了基础。
东晋葛洪在炼丹术方面有杰出的成就，著有《抱朴子》一书，集当时炼丹术的大成;曾用丹砂，雄黄……等原料，炼出了汞，砷，铅等;在炼制过程中，并作过升华，蒸溜等试验，给后世的制药化学开辟了道路。
南朝梁人陶宏景在《神农本草经》的基础上，又整理和总结了汉，晋以来所陆续增加的药物365种，编成了《神农本草经集注》。陶氏不仅丰富了《本经》的内容，而且在整理注解和改正错误等方面作了相当的努力，可算为我国历史上药物学的第二次总结
拓展阅读：内经名言——脏腑理论
三焦者，决渎[1]之官，水道出焉。《素问•灵兰秘典论》
【注释】
[1]决渎：意指疏通沟渠。决，打开缺口，疏导水流。渎，沟渠。
【论述】
全身的水液代谢，虽然是由肺、脾、肾、膀胱等多个脏腑协作完成的，但必须以三焦为通路;如果三焦水道不通利，亦然会出现小便不利、水肿等水液潴留之症，所以《灵枢•本输》也说：“三焦者，中渎之腑也，水道出焉，属膀胱，是孤之腑也”。“孤腑”的意思，是说明三焦虽为六腑之一，但与胆、胃、大肠，小肠、膀胱等腑不同。其他诸腑皆与相应的脏构成表里关系，惟独三焦无所配合，只是其下合穴出于足太阳膀胱的委阳，与膀胱相联络。张景岳还分别指出了三焦病变的情形：“上焦不治，则水泛高原;中焦不治，则水留中脘;下焦不治，则水乱二便。”可见，三焦在水液代谢中的地位十分重要，故有“决渎之官”、“中渎之腑”的名称。
通行水液是三焦的主要功能，除此之外，三焦还有其他二项作用。一是布散营养，排出代谢产物，即如《灵枢•营卫生会》所说：“上焦如雾，中焦如沤，下焦如渎”。和《难经•三十一难》所说：“三焦者，水谷之道路，气之所终始也。”二是敷布原气，总司人体气化，如《难经•三十八难》说：“腑有六者，谓三焦也，有原气之别焉，主持诸气。”。三焦的这三种主要功能与现代医学所说的微循环功能是一致的，微循环结构的主要功能就是实现血液与组织细胞间水液和其他物质交换，运送营养和排出废物，因此可以认为，三焦就是人体内的微循环结构。东汉张仲景早就说过：“血不利则为水。”(《金匮要略•水气病》)明代张景岳更是具体指出：“三焦气治，则脉络通而水道利，故曰决渎之官。”(《类经•卷三》)可见古人从宏观上已模糊地感觉到了三焦与微循环的关系。
上焦如雾，中焦如沤，下焦如渎。《灵枢•营卫生会》
【论述】
这句话是论述三焦在人体上、中、下三个部位的不同功能，指出上焦、中焦、下焦是水谷之气在全身的分化过程和所经行的道路。上焦的作用主要是输布水谷精气如血液、营卫之气等，像雾露蒸腾一样，这实际上是心肺的作用;中焦的作用主要是将水谷腐熟运化而变成营养，像沤东西一样，这实际上是脾胃的作用;下焦的作用是排泄废物，像沟渠一样，这实际上是肾与膀胱的作用。在《内经》中的其他篇章，也有这样的论述。如《灵枢•决气》：“上焦开发，宣五谷味，熏肤，充身，泽毛，若雾露之溉，是谓气……中焦受气取汁，变化而赤，是谓血。”《灵枢•营卫生会》：“上焦出于胃上口，并咽以上，贯膈而布胸中，走腋，循太阴之分而行，还至阳明，上至舌，下足阳明，常与营俱行于阳二十五度，行于阴亦二十五度，一周也，故五十度而复大会于手太阴矣……中焦亦并胃中，出上焦之后，此所受气者，泌糟粕，蒸津液，化其精微，上注肺脉，乃化而为血，以奉生身，莫贵于此，故独得行于经隧，命曰营气……下焦者，别回肠，注于膀胱而渗入焉。故水谷者，常并居于胃中，成糟粕而俱下于大肠，而成下焦。渗而俱下，济泌别汁，循下焦而渗入膀胱焉。”
三焦虽属六腑之一，但与其他腑有很大不同，故历代医家对三焦的看法不一。从此处三焦功能特点来看，三焦当是一个网络全身的大腑。明代张介宾《类经附翼》说：“夫三焦者，五脏六腑之总司。”又说：“夫所谓三者，象三才也，际上极下之谓也。所谓焦者，象火类也，色赤属阳之谓也，今夫人之一身，外自皮毛，内自脏腑，无巨无名，无细无目，其于腔腹周围上下全体，状若大囊者，果何物耶?且其著内一层，形色最赤，象如六合，总护诸阳，是非三焦而何?”这一认识，已经很接近于微循环结构了，因为人体内所有脏器皆存在着三焦(微循环结构)，故各部分(脏腑)中的三焦功能与该脏腑的功能密不可分，即“三焦者，五脏六腑之总司”。因此，“上焦如雾，中焦如沤，下焦如渎。”所描述的三焦功能，实际上是上、中、下三个部位的脏腑的功能。
自《难经》以后，又将肝肾精血、命门原气等都归属于下焦，突出了下焦在气化方面的重要作用。
